成立预案编制小组。落实成员的职责，明确分工，是编制应急预案的首要步骤。水上突发事件应急行动来自不同单位、不同专业领域，需要这些职能部门积极参与，在相互信任的基础上进行密切的配合与协调。因而，在编制预案时，通过成立预案编制小组，将各方专家有机地组合起来，共同参与编制，达成一致意见，保证应急预案的准确性和完整性。预案编制小组的成员单位一般包括：海事、安监、医疗卫生、民航、通讯、公安、消防、新闻媒体以及责任水域范围内拥有水上救助力量的航运企业、船公司等相关单位。
风险识别和评估。风险识别、分析和评估的结果不仅有助于深入具体地制定应急反应程序，而且有助于制定出切实可行的应急反应措施。在对责任水域的地理环境、水域特征、气象条件等因素进行综合分析的基础上，结合辖区内曾经发生的水上突发事件，将其分门别类，分析其诱因，识别未来可能发生的水上突发事件，合理划分水上突发险情等级。针对不同级别的水上突发事件，制定不同的预案来应对。
应急能力评估。在风险评估的基础上，对现有应急装备、应急队伍等应急能力和应急资源进行评估，包括应急人员的技术、经验和资历，以及应急设施、设备、装备、物资等情况，查找需求和不足。制定预案时，在评价与潜在风险相适应的应急资源和应急能力的基础下，量力而行，选择最现实、最有效的应急反应策略。
建立应急组织指挥体系。对分散的部门资源进行重新组合和优化，明确应急反应的组织机构、参加单位、人员及其职责，确保预案启动时，应急救援过程的各个环节和岗位都有相应的人员去落实和实施。
编制预案文本。针对未来可能发生的水上突发事件，结合风险识别和应急能力评估的结果，依据有关法律、法规及国际公约编制应急预案。在编制过程中，要与《国家突发公共事件总体应急预案》和其他地区的水上突发事件应急预案相衔接，尽可能减小工作量，避免预案内容不必要的交叉重复，保证各级政府的水上突发事件应急预案能够有效地协调和相互对应，组成有机整体。
评审与发布。为确保应急预案的科学性和实用性，主持编制预案的单位（一般为海事部门）应依据我国有关方针政策、法律法规及规范性文件的要求，组织开展预案的内部和外部评审，取得政府主管部门和相关应急机构的认可。内部评审是预案初稿编写完成后，为保证预案语言简洁通畅、内容完整、语法规范，在编写小组内部实施的评审。外部评审是请外地同级海事部门、上级主管机关、有关专家学者等从政策、法律、技术等不同角度，对预案结构和内容进行的审定。评审通过后，履行批准手续，按有关程序进行正式发布，并报送上级主管部门和应急机构备案。
演习与维护。应急预案编制完成后，通过实施预案，检验其有效性，主要包括：应急预案宣传、教育和培训，应急资源的定期检查落实、应急演习和训练。应急预案发布后，各相关职能部门和应急机构要有计划地结合预案内容，广泛地开展宣传、教育、培训，使水上应急搜救人员熟悉、掌握预案中与其承担的职责和任务相关的工作任务、程序和标准。应急预案的牵头部门，应根据预案的内容，定期检查应急人员、设施、物资等应急资源的准备状况，保持应急资源处于战备状态。定期组织开展应急演习和训练，检验预案中的行动程序在水上搜救演习过程中的合理性、有效性和可操作性，评估应急人员的技能和整体协调性，从中查找问题并加以改进，为预案的修订与更新提供参考依据。