特殊危险应急程序是主要针对具体事故以及特殊条件下的事故应急而制定的指导程序。其具体的程序内容根据不同事故情况而定，通常除了包括基本应急程序的行动内容以外还应该包括特殊事故的特殊应急行动内容。
存在有毒、有害、易燃、易爆物质的企业常发生的事故是，危险品的泄漏及由其引发的火灾、爆炸等，然而在特殊情况下可能会遭遇台风、洪水等自然灾害的侵袭。为保障安全，有必要制定一系列下述条件下的特殊危险应急程序。
（一）危险品泄漏
企业中最常发生的事故就是危险品的泄漏，而且泄漏有可能会导致火灾、爆炸等其他恶性事故的发生，因此，针对危险品泄漏制定特殊应急程序是十分必要的。程序中应详细描述应急队员在控制危险品泄漏时所需采取的具体行动，并标明不同于其他事故应急的特殊应急步骤。
程序中应该明确建立事故指挥中心应注意的事项：
（1）位于通风地带；
（2）根据风向确定安全距离；
（3）观察事故要有良好视野；
（4）有足够空间开展应急操作。
事故指挥者利用该程序作为现场应急的指导，除了按基本应急程序部署必要应急行动以外，更要注意处理危险品泄漏事故的特殊性。例如，在事故应急行动开始时，应首先收集到下列信息：
（1）正在泄漏的化学品种类；
（2）泄漏源的位置；
（3）泄漏过程的描述；
（4）泄漏的后果；
（5）蒸气云是否存在及其位置；
（6）蒸气云是否可燃；
（7）蒸气云下风向的细节；
（8）泄漏是否可以控制；
（9）是否存在火源以及火源的位置；
（10）估计控制需要时间；
（11）是否需要额外援助。
除此之外，程序中还应注明，在应急过程中需要实施的人员防护，以免应急队员因过度暴露而受到伤害。
（二）火灾
火灾是最常见也是最易发生的事故之一，如果不能对其实施有效应急以控制火势蔓延，那么就有可能造成巨大的事故损失，酿成灾祸悲剧。因此在拥有了基本应急程序的基础上，应针对火灾事故的特点，制定特定应急程序，重点突出在应急行动中的灭火要点、应特别注意和回避的事项，使应急行动具有更强的针对性，提高行动的效率。
程序应详细说明各应急组织和应急队员的灭火能力、任务和各自的职责，说明事故指挥者、安全人员及其他应急者的个人责任等。程序将有助于制定行动计划、决定是否需要额外援助、指导事故指挥者收集有用信息等等。
（三）台风
台风是我国沿海地区常见的自然现象，由于它的无法控制性和巨大的破坏性，因此常造成严重的经济损失和人员伤亡。在交通方面，台风更易导致交通阻断，引发运输事故。因此，在台风易发生时期，必须考虑到在台风季节针对台风的应急措施，以预防恶性事故的发生以及一旦发生事故时如何将事故影响控制在最小范围内。
制定台风的应急程序应与当地的应急救援部门和气象服务中心紧密联系，根据政府气象服务部门所提供的气象信息和指导，应急管理者应提前在24-48小时内采取适当的行动措施。制定“台风”应急程序时，需要根据预报的台风种类、强度、登陆点不同确定相应的应急行动措施。由于台风会影响到工作、生活、交通等各个方面，因此每个部门都应在台风到来之前部署好应急行动，以保证人员的安全。
（四）洪水
洪水应急程序主要适用于企业所在的区域历史上有洪水记录或可能发生洪水时对可能事故的预防和发生事故后的应急。该程序根据各个不同的企业所能承受的不同洪水强度，考虑气象中心发布的应采取的洪水应急措施来制定具体的程序内容。
程序中的事故预防措施应包括对洪水预兆标志（暴雨、雷阵雨、冬季冰雪的融化等）的识别，以实现在洪水到来之前或气象中心发布洪水警报之前采取必要的预防性措施。在事故应急措施中，应列出在洪水应急中需采取的特别行动，例如对需要用沙包填充区域的划分、沙包的获得和补充、重要设备的移动、对建筑物的记录、疏散路线的确认、汽车特别是储罐车的防滑等各项具体措施。
由于各个企业的具体条件不同，气象条件的不同，可能发生的事故也会有相当大的差异，其相应的应急行动也就不尽相同，针对具体事故类型可制定出各自的应急程序，突出具体的应急特点，可参考上述特殊应急程序进行具体程序的制定。