人们相信大豆异黄酮可以抑制骨骼吸收，刺激骨骼形成。体内体外研究提示，大豆异黄酮可以有助于维持骨骼矿物质密度。
研究中包括24000名没有骨折或激素治疗史的绝经期女性，以问卷调查的形式了解她们的饮食情况，随访此后四年半里骨折的发生率。结果发现，这些患者中发生骨折的为1770次，进食较多大豆蛋白者骨折发生率明显降低，即便是调整热量摄入、经济状况、其他营养、骨质疏松危险因素，结果也没有改变。
结果最明显的是绝经期10年以内的女性。吃大豆可能部分有助于减少绝经相关的骨钙丢失，但是对于已经有骨钙丢失的女性，逆转作用就不那么明显了。