大闸蟹虽然味质鲜美，但性寒且带湿毒，属「发物」，皮肤病患者或容易皮肤敏感的人都不宜吃。由于蟹难消化，腹泻、胃痛、感冒发烧的人，亦不宜进食，以免加剧病情。体质虚寒的人(即经常手足冷冰、容易头晕、体倦)，最好还是忍忍口，以免引致胃寒不适。此外，蟹黄(蟹膏)的胆固醇很高，患有高血压、心脏病、动脉硬化的人，不宜多吃。糖尿病患者及肾病患者往往血压偏高，他们应不宜多吃大闸蟹。
吃蟹时亦要注意烹调方式。由于大闸蟹生在江、河、湖底的泥沟里，又喜爱吃小动物的尸体，肠道内含有大量细菌。再加上蟹含有丰富的蛋白质(比猪肉、鱼肉高于好几倍)，死后蛋白质会迅速分解，细菌大量繁殖，极易变坏，因此不要吃死蟹，亦不要吃未经彻底煮熟的蟹。吃蟹时，可用姜醋作调味料，既可帮助消化，亦有助杀菌。蒸蟹时可放一些紫苏叶。紫苏性味辛温，发汗解表，行气宽中，能解鱼蟹毒。
吃蟹时，有些人喜欢喝一点酒，其实也是借酒的温辛来解蟹的寒。吃蟹后如感到肠胃不适，可用姜数片煮水，趁热饮下，有暖胃功效。
古医书记载：「凡柿同蟹食，令人腹作泻。」原因是蟹含丰富蛋白质，而柿的鞣酸很多，两者同吃，会凝固成硬化。此外，蟹和柿都属寒凉之物，同时进食过量容易引致不适。