而菌群失调会导致便秘、急慢性腹泻、肠胃炎、肠功能紊乱，以及外来菌感染等疾病。长期下去，还可导致其他疾病和促进衰老，甚至引起癌症。此时使用微生态制剂，便可发挥其“专长”——调整失衡的胃肠道菌群，重建生物膜屏障。
但是，在应用中，益生菌制剂并不能替代抗生素，它们是相辅相成的关系。抗生素用于治疗致病菌引起的疾病，而微生态制剂则用于调整菌群失调。查找病因更关键
胃肠道炎症是由多种因素引起的疾病，除了细菌感染外，理化因素(如进食刺激性食物)、化学因素(如烈酒、咖啡、浓茶及某些药物)、过度疲劳及精神刺激等，均可使胃肠黏膜屏障遭受破坏，引起炎症性变化，这是整体状况改变的结果，并非由单方面引起。
因此，治疗上应检查清楚发病的原因，采取有效的针对性治疗，才能取得相应的效果。然而，最近某药厂研制生产出一种所谓的新型微生态制剂(实际上属益生素)，宣称专用于治疗各种肠胃炎，打出“以菌治菌，治愈快、不复发”、“只杀有害菌，不伤有益菌”的宣传广告，我认为过分宣传了微生态制剂的功效，对消费者有愚弄之嫌。益生菌并非完全“益生”
益生菌应用的剂量、菌株的选择、应用的时机和方式都有一定讲究。譬如微生态制剂在感染性腹泻的早期不宜应用，此时用了也“白用”;在使用抗感染药或抗病毒药后期，可以吃点，以恢复菌群的平衡。
需要指出的是，微生态制剂也不足完全无害的，益生菌制剂导致菌血症、肝脓肿、脑膜炎以及心脏损伤的报道也有。因此，对于免疫功能缺陷者、滥用广谱抗生素者、抵抗力低下的老人，要慎重或避免使用。
微生态疗法推动了医学由抗生素时代向活菌时代的转变，在提高人体免疫力、增进体质和维持内环境平衡等方面发挥了重要作用。大家要正确客观地认识微生态制剂，让自己的胃肠道微环境也“走可持续发展之路”。