重大事故的应急救援往往涉及多个救援部门和机构，因此，对应急行动的统一指挥和协调是有效开展应急救援的关键。建立统一的应急指挥、协调和决策程序，便于对事故进行初始评估，确认紧急状态，从而迅速有效地进行应急响应决策，建立现场工作区域，指挥和协调现场各救援队伍开展救援行动，合理高效地调配和使用应急资源等。
该应急功能应明确：
1．现场指挥部的设立程序；
2．指挥的职责和权力；
3．指挥系统(谁指挥谁、谁配合谁、谁向谁报告)；
4．启用现场外应急队伍的方法；
5．事态评估与应急决策的程序；
6．现场指挥与应急指挥部的协调；
7．企业应急指挥与外部应急指挥之间的协调。
应急指挥可设应急总指挥和现场应急指挥，应急总指挥一般由总经理担任，现场指挥一般由生产副总经理或事发单位第一负责人担任，但是，企业在确定总指挥与现场指挥人员时，一定要考虑该人员由于某种原因(如出差等)，在事故发生的时候不在场时，由谁来担任指挥的角色，以确保救援行动不出现混乱局面。
1．应急总指挥的职责是：
(1)负责组织应急救援预案的实施工作。
(2)负责指挥、调度各保障小组参加集团公司的应急救援行动。
(3)负责发布启动或解除应急救援行动的信息。
(4)开设现场指挥机构。
(5)向当地政府或驻军通报应急救援行动方案，并提出要求支援的具体事宜。
2．现场指挥的职责是：
(1)全权负责应急救援现场的组织指挥工作。
(2)负责及时向总指挥部报告现场抢险救援工作情况。保证现场抢险救援行动与总指挥部的指挥和各保障系统的工作协调。
(3)进行事故的现场评估，并提出抢险救援的相关方案报应急救援总指挥部备案。必要时，与总指挥部的专业技术人员或有关专家进行直接沟通，确定抢险救援方案。
(4)必要时，提出现场抢险增援、人员疏散、向政府求援等建议并报总指挥部。
(5)参与事故调查处理工作，负责事故现场抢险救援工作的总结。
3．联合指挥。
当企业在救援时用到当地消防、医疗救护等其他应急救援机构时，这些应急机构的指挥系统就会与企业的指挥系统构成联合指挥，并随着各部门的陆续到达，联合指挥逐步扩大。
企业应急指挥应该成为联合指挥中的一员，联合指挥成员之间要协同工作，建立共同的目标和策略，共享信息，充分利用可用资源，提高响应效率。在联合指挥过程中，企业的应急指挥的主要任务是指挥提供救援所需的企业信息，如厂区分布图、重要保护目标、消防设施位置等，还应当配合其他部门开展应急救援，如协助指挥人员疏散等。
当联合指挥成员在某个问题上不能达成一致意见时，则负责该问题的联合指挥成员代表通常作出最后决策。
但如果动用其他部门较少，如发生较大火灾事故，没有发生人员伤亡的可能性，仅需要消防机构支援，可以考虑由支援部门指挥，企业为其提供信息、物资等支持。