城市轨道交通系统中可能发生的重大事故是多种多样的，但应急资源是需要共享的，如何针对多种事故类型进行应急预案的系统规划，保证各应急预案之间的协调一致，形成完整的应急预案文件体系，避免预案之间的矛盾和交叉。这些问题在应急预案编制之初就应予以统筹考虑，否则将给应急组织机构职责、指挥及响应程序等带来不必要的内容重复，引起矛盾和混乱，对应急预案的维护和职责明确等也会带来一系列的问题。
城市轨道交通事故灾害大致可分为安全事故、自然灾害、人为突发事件等3类。针对每一类灾害的具体措施可能千差万别，但其导致的后果和产生的影响却是大同小异的。这就意味着可以通过制订出一个基本应急模式，由一个综合的标准化应急体系有效地应对不同类型危险所造成的共性影响。
城市轨道交通系统救援体系的总目标是控制事态发展、保障生命财产安全、恢复正常运营。这3个总目标也可以用防灾、减灾、救灾和灾后恢复来表示。我们可以针对不同事故的特点，如爆发速度、持续时间、范围和强度等，制定具有针对性强的专项应急预案。为了保证各种类型预案之间的整体协调和层次清晰，实现共性与个性、通用性与专业性的结合，宜采用分层次的综合应急预案。城市轨道交通系统救援体系的建设，从保证预案文件体系的层次清晰和开放性角度考虑，以划分为综合预案、专项预案和现场预案最为合适，其结构见图2。
综合预案、专项预案和现场预案由于各自所处的层次和适用的范围不同，其内容在详略程度和侧重点上会有所不同，但都可以采用相似的基本结构，如采用基于应急任务或功能的“1+4”预案编制基本结构。即，应急预案=基本预案+(应急功能附件+特殊风险预案+标准操作程序+支持附件)。
(1)基本预案。是该项应急预案的总体描述，主要阐述应急预案所要解决的紧急情况、应急的组织体系、方针、应急资源、应急的总体思路，并明确各应急组织在应急准备和应急行动中的职责以及应急预案的演习和管理等规定。
(2)应急功能附件。是对在各类重大事故应急救援中通常都要采取的一系列基本应急行动和任务而编写的计划，如指挥、控制、警报、通讯、人群疏散、人群安置、医疗等，并应明确每一应急功能针对的形势、目标、负责机构、支持机构、任务要求、应急准备和操作程序等。
(3)特殊风险预案。是在对城市轨道交通系统进行安全评价的基础上，针对每一种可能发生的重大风险事故，明确其相应的主要负责部门、有关支持部门及其相应的职责，并为该类专项预案的制定提出特殊的要求和指导意见。
(4)标准操作程序。用来规定在应急预案中没有给出的每一任务的实施细节，各个应急部门必须制定相应的标准操作程序，为组织或个人提供履行应急预案中规定的职责和任务时所需的详细指导，标准化操作程序应保证与应急预案的协调一致。
(5)支持附件，应主要包括应急救援有关支持保障系统的描述及相关附图表，如：城市轨道交通系统主要危险有害因素登记表、重大事故影响范围预测分析、应急机构及人员通讯联络方式、消防设施分布、疏散线路图、媒体联络方式、相关医疗单位分布图、交通管制范围图等。