腐乳通常可分为白、红、青三种：白色腐乳在生产时不加红曲，使其保持本色；腐乳坯加红曲即红腐乳；青色腐乳是指臭腐乳，又称青方，它在腌制过程中加入了苦浆水、盐水，呈豆青色。腐乳在制作过程中发酵，蛋白酶和附着在菌皮上的细菌慢慢渗入到豆腐坯的内部，逐渐将蛋白质分解为各种氨基酸和游离脂肪酸，3个月至半年后，松酥细腻的腐乳就做好了，滋味鲜美适口。
每100克腐乳蛋白质中含异亮氨酸4.8克、亮氨酸8.8克、赖氨酸7.0克、蛋氨酸0.7克、苯丙氨酸4.6克、苏氨酸2.0克、色氨酸0.6克、缬氨酸5.3克。此外，腐乳还含有钙和磷等矿物质。
有不少人喜欢吃臭腐乳，臭腐乳中维生素B12的含量很丰富，有的品种每100克可含10毫克维生素B12，而每人每天需要维生素B12的量为1—3毫克。经常吃腐乳，不仅可以补充维生素B12，还能预防老年性痴呆。但值得注意的是臭腐乳发酵后，容易被微生物污染，豆腐坯中的蛋白质氧化分解后产生含硫的化合物。如果吃太多的臭腐乳，将对人体产生不良作用，影响身体健康。
另外，腐乳含盐和嘌呤量普遍较高，高血压、心血管病、痛风、肾病患者及消化道溃疡患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。