大豆中含有丰富的蛋白质，但同时也含有胰蛋白酶抑制素，这种抑制素能抑制胰蛋白酶对蛋白质的作用，使大豆蛋白质不能被分解成人体可利用的氨基酸。
要想充分利用大豆中的蛋白质，就必须通过充分浸泡、磨细、过滤、加热等处理方式，来消除胰蛋白酶抑制素的不利影响。生豆浆中还含有一种叫皂甙的物质，皂甙如果未熟透进入胃肠道，会刺激人体的胃肠黏膜，使人出现一些中毒反应，出现恶心、腹痛、呕吐、腹泻、厌食、乏力等。
当生豆浆加热到80℃～90℃的时候，会出现大量的白色泡沫，很多人误以为此时豆浆已经煮熟，但实际上这是一种“假沸”现象，此时的温度不能破坏豆浆中的皂甙物质。正确的煮豆浆方法应该是，在出现“假沸”现象后继续加热3～5分钟，使泡沫完全消失。
有些人为了保险起见，将豆浆反复煮好几遍，这样虽然去除了豆浆中的有害物质，同时也造成了营养物质流失，因此，煮豆浆要恰到好处，控制好加热时间。