木瓜味道香甜，其中除了丰富的糖分外，还含有维生素A、B族维生素、维生素C以及铁、钙、有机酸、纤维素等营养成分。其中，p胡萝卜素和维生素C的含量特别高，后者是苹果的20倍，它们是天然的抗氧化剂，能有效地预防感冒，并阻止致癌物质亚硝胺的合成。做熟了的木瓜中，B胡萝卜素、B族维生素和维生素C几乎全部被破坏了，起不到什么调理作用。
吃木瓜可以帮助消化、清理肠胃，靠的是木瓜蛋白酶的作用。这种蛋白酶在未成熟的青木瓜中含量最高，大约是成熟后红木瓜的两倍，它可以消灭人体内某些细菌和蛔虫，但最怕高温加热。因此，煮熟的木瓜失去了杀菌和杀虫的效果。
此外，木瓜中富含齐墩果酸，它具有护肝降酶、降血脂等功效，还能治疗急性细菌性痢疾，对伤寒、痢疾杆菌和金色葡萄球菌、癌细胞有较强的抑制作用。鲜木瓜煮熟后，这种成分的含量也会大大下降。
其实，木瓜的吃法有很多种，生吃、做水果沙拉、榨木瓜汁、凉拌青木瓜等都比做熟后吃更有营养。另外，木瓜可以搭配着肉类一起吃。因为木瓜蛋白酶是最好的蛋白质分解酶，可以帮助人体分解肉类蛋白质，助消化。如果不是为了吸收木瓜中的营养，也可以用它来炖肉，能将肉类的结缔组织分解，让肉变得更鲜嫩、软滑。
不过，木瓜偏寒，胃寒、体虚者不宜多吃，否则容易导致腹泻。