少林寺遗址坐落在少林自然村嵩山分脉之九莲山弥勒峰南麓,背山面溪,朝东偏南。寺东面的五老峰与篙山的五乳峰维妙维肖,少林溪的流向亦与北少林寺旁的少阳溪相同。从寺址地形上看,从少林尾经少林石路,过少林桥,进入山门,有九个层次分明的大阶地,寺院依山起势成阶梯式建筑,前后进深180米,主座及两厢附廊宽达68米,建筑面积近20000平方米。寺院建筑群十分浩大,寺内有极为完整的排水系统和用特制的瓦筒安装的供水设施,其四周还筑有防火墙,墙外还有附属建筑物,极为雄伟壮观,是一座高规格的大型禅宗寺院。在寺院西南角约百米处,有一块占地约 800多平方米的马厩,相传系当年和尚圈马之地,至今村民仍称该处为马房。另外,在少林寺南面约 300米处有一座小山坡,为当年和尚放马的地方,因马群常遭虎豹伤害,称为虎咬马山坡。
福清少林寺遗址,经国家文物管理局批准,从1995年 7月起由省和市联合组成的考古队进行发掘,出土了大量少林寺文物,充分验证该遗址就是史籍记载的少林寺。